De afwatering van de kern Holten is oost-west gericht, waarbij Holten zich bevindt op de grens van drie waterschappen.

Vanuit de kern zijn aan de westzijde overstorten aanwezig op de Boterbeek en de Peterswatergang, in het waterschap Rijn en IJssel. De kaart in bijlage 7 geeft een overzicht van relevante waterlopen met naamgeving vanuit de Legger. Aan de oost- en noordzijde bevinden zich geen overstorten of uitlaten. In de kern zelf is geen noemenswaardig oppervlaktewater aanwezig. De afgelopen jaren zijn in dit gebied veel infiltratievoorzieningen gerealiseerd, om het regenwater te verwerken daar waar het valt. De vijsvijver aan de westzijde Holten dient als waterberging en is het lozingspunt van de blauwe ader (een hemelwaterriool vanuit het
woongebied).

Op het bedrijventerrein Vletgaarsmaten zijn retentievijvers aanwezig, welke aansluiten op dezelfde Peterswatergang. Bekend is het vervolg van de Peterswatergang weinig verval kent in het landelijke gebied. De Boterbeek is een gestuwde watergang. Beide komen uiteindelijk uit op de oude Schipbeek.

De kern Holten ligt op de grens tussen de heuvelrug en de vallei. De meest noordelijke woonwijken liggen op de heuvelrug. Het meest dicht bebouwde deel van de kern ligt in de lagere delen. Het maaiveld loopt van circa 10,5 m NAP in Vletgaarsmaten tot circa 25,0 m NAP in Holten Zuid-Oost. Aan de noordzijde van het spoor loopt het maaiveld op van circa 21 meter tot zo’n 53 meter binnen deelgebied Holten Noord-Oost. Figuur 3-5 geeft een goed beeld van de
maaiveldvariaties binnen de deelgebieden.